作為好友，書法家劉正成曾不止一次聽朱清時講起他的痛苦：他說我雖然是中科大校長，管著各個系的工作，但是我無法任免任何一個系主任，人事問題是黨委書記說了算。我才知道誰的工作好水平高但我提拔不了他，我也知道誰的工作差水平低但我罷免不了他，你說我怎么去帶兵打仗搞好教學(xué)？

朱清時一直希望大學(xué)能夠免于行政化的干擾

3.不再是不食人間煙火的一個仙人

受聘南科大之后，朱清時發(fā)生了某種變化。中科大物業(yè)中心負(fù)責(zé)人唐偉（化名）將此前的朱清時描述為不食人間煙火的一個仙人，他沒有這個生活的瑣事這些概念。

唐偉與朱清時都喜歡文物古玩，朱清時任中科大校長期間還曾兼任過該校科技考古系主任。大約10年前的農(nóng)歷新年前，朱請?zhí)苽烤€，希望給揚州博物館的一件館藏珍寶做科技考古數(shù)據(jù)采集。那天已經(jīng)是臘月二十八，博物館工作人員早已放假，又被唐偉請了回來。朱清時沒說清楚幾點到，一屋子人就那么等著。晚上博物館方面宴請，開一大壇黃酒，朱清時高興，喝醉了，坐在那里總是笑，吃完一抹嘴走了。

他現(xiàn)在恐怕都不知道這個問題，這個事兒，你二十八跑去看東西，人家一屋子人等著。”唐偉說，“就是他沒有這些俗禮啊，說是人情，普通人之間那種互相的你給我什么，我給你什么，這種利益交換，他沒這些東西，沒這些想法。

近兩年再見，唐偉注意到朱清時的變化，他講過一句話，他說我原來在科大當(dāng)校長，現(xiàn)在我回過頭來，我真要感謝大家，學(xué)校的所有的其他的各個部門的人。他說那我在學(xué)校里頭就是甩手掌柜的，現(xiàn)在連屋頂漏個雨都得我來關(guān)心來搞。

毫無疑問，一個革新建設(shè)者必須比一個單純的批判者承擔(dān)更多。2009年，在朱清時受聘南科大后不久，教育部再次拒絕了南科大的籌建申請，理由是廣東省已有很多高校，應(yīng)先著力將現(xiàn)有學(xué)校做好。此時教育部剛剛完成人事更替，新部長袁貴仁上任。朱清時得知袁貴仁將出席澳門大學(xué)橫琴校區(qū)的啟動儀式，特意準(zhǔn)備好學(xué)校的籌辦材料，裝在一個文件袋里，厚厚的，然后趁袁貴仁作完報告走下臺時堵了過去，將文件袋塞入袁的手中。

我就很想跟袁部長溝通，取得教育部的理解和支持。建南科大不是一所普通的學(xué)校，是要試驗中國高教改革的試驗田。朱清時說。

當(dāng)時，根據(jù)一份發(fā)布于1986年的《普通高等學(xué)校設(shè)置暫行條例》，僅僅要滿足獲批籌建的條件，就需要在校生計劃規(guī)模不少于5000人，圖書不少于60000冊，這對于首批招生計劃50人的南科大來說極其困難。但與袁貴仁見面后的幾個月，教育部的高校設(shè)置委員會曾專門開會研究南科大的問題，據(jù)稱與會專家全票通過為南科大發(fā)放準(zhǔn)生證。