關于中央調(diào)查部的工作機制，楊尚昆在日記中記載，日常工作由他與李克農(nóng)聯(lián)系，大的事情請示鄧小平解決。李克農(nóng)是中央調(diào)查部成立后的第一任部長。李克農(nóng)之后，孔原任中調(diào)部部長。 文化大革命 期間，該部也未能免于沖擊。1969年6月13日，中央決定由中國人民解放軍總參謀部二部接管調(diào)查部，至1971年后逐漸恢復正常。至1983年，鑒于中央調(diào)查部在 文化大革命 中的歷史遺留問題，同時為適應改革開放以來情報工作的新形勢，中央決定撤銷該部建制，并以其為主體，同公安部的反間諜部門及其他部分相關單位合并，組成了國家安全部。

　 中央調(diào)查部 在隱秘戰(zhàn)線上為黨和國家提供決策情報，成為黨中央工作的重要參謀與助手

　　 中央調(diào)查部存續(xù)近30年，作為新中國一個時期以來情報工作的具體組織者和實施者，它通過艱苦細致的調(diào)查研究，在事關黨和國家安全利益等重大問題上，而且往往在關鍵時刻，為黨和國家提供決策情報，成為黨中央工作的重要參謀與助手。

　　 其一，在反和平演變上，中央調(diào)查部起到了重要智囊作用。新中國成立后，反和平演變關系到新中國的政權(quán)和黨的執(zhí)政地位的鞏固，在這一問題上，毛澤東十分重視研究美國的政治局勢，中央調(diào)查部起到了重要智囊作用。1958年秋，美國國會舉行選舉，執(zhí)政的共和黨敗于民主黨。就這次選舉后的美國國內(nèi)政治局勢，中央調(diào)查部寫了一個報告，指出在嚴重的經(jīng)濟危機情況下，美國統(tǒng)治集團內(nèi)部和國內(nèi)的階級矛盾加劇，各階層人民普遍恐懼戰(zhàn)爭，國內(nèi)政治氣氛在往好的方面發(fā)展。11月27日，毛澤東在審閱此報告時，將題目改為《美國政治氣氛向好的方面發(fā)展》，并批示說：中央調(diào)查部這個分析，很有意思，同時任中國駐英國大使館代辦宦鄉(xiāng)對英國外交形勢與西歐形勢的分析相似，都是好文章。他還說： 總之，西方世界一天一天地在向好的方面變，無產(chǎn)階級的直接同盟軍和間接同盟軍都在發(fā)展。 中共八屆六中全會上印發(fā)了毛澤東的批語和中央調(diào)查部的分析報告。

　　 其二，在發(fā)展壯大愛國主義統(tǒng)一戰(zhàn)線上起到了參謀作用。20世紀60年代中葉，中央調(diào)查部參與了爭取原國民黨南京政府代總統(tǒng)李宗仁回國的工作，并發(fā)揮了重要的參謀作用。1965年7月9日，中央調(diào)查部以書面形式向中央報告李宗仁回國有關問題的意見，提出兩個可以考慮的方案：一是不必一進國門就發(fā)表聲明，待回國商量后再發(fā)表聲明；二是同意一進國門就在機場發(fā)表書面聲明并接見記者，但聲明稿應事先同國內(nèi)商妥。7月12日，毛澤東批示周恩來總理： 似以第二方案為較好，稿子事前商好，并無壞處。 7月20日，李宗仁偕夫人郭德潔抵達北京，周恩來、彭真等到機場歡迎，其中孔原、鄒大鵬、馮鉉等中調(diào)部負責人也在迎接人員之列。